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El IDES promovió desde sus inicios la creación de centros de estudio sobre la base del autonucleamiento de socios junto con otros investigadores y profesionales. Entre los muchos centros que, que con mayor o menor permanencia, han realizado en el IDES actividades relevantes pueden citarse el Centro de Estudios de Coyuntura, que entre 1964 y 1970 editó la publicación cuatrimestral Situación Actual y Perspectivas de la Economía Argentina; el Centro de Estudios sobre la Economía Argentina, que a partir de 1978 generó uno de los primeros posgrados en economía del país convocando a profesores-investigadores del BCRA, CEPAL, Di Tella, CEDES y otras instituciones; y el Centro de Antropología Social -referente esencial para el desarrollo y continuidad de esta disciplina en la Argentina-, creado en 1974 por Esther Hermitte y que continúa actualmente bajo la dirección de Rosana Guber.
Desde mediados de la década del noventa el desarrollo de investigaciones y de programas de investigación en el IDES ha adquirido fuerte impulso. Contribuyeron a la consolidación del área de investigaciones las tareas desplegadas por Centros y Programas establecidos por investigadores de la propia institución, como el Programa de Estudios Socio Económicos Internacionales (coordinado por Adriana Marshall), el Programa de Estudios Socio-Culturales (ex Programa de Investigaciones Socio-culturales en el Mercosur, coordinado por Elizabeth Jelin), el Programa de Estudios sobre Saberes de Estado y de las Elites Estatales y el Programa sobre Historia de los Saberes “Psi” (ambos coordinados por Mariano Plotkin) y el ya mencionado Centro de Antropología Social (coordinado por Rosana Guber), así como la incorporación de programas de investigación organizados conjuntamente con otras instituciones, como por ejemplo, con el Instituto Internacional de Planeamiento de la Educación (UNESCO), el Programa RedEtis (Educación, Trabajo, Inserción) coordinado por Claudia Jacinto. A partir de fines de 2007, dicha red continúa su quehacer en el marco del Programa de Estudios sobre Juventud, Educación y Trabajo (PREJET-IDES).
Asimismo, como parte de la dinámica de funcionamiento de los Centros y los Grupos de Estudio que aquéllos albergan, desde el 2010, el Núcleo de Estudios sobe Memoria se ha constituido en un centro; y, durante el 2011, se constituyó el Programa Procesos Económicos, Políticos y Culturales en la Constitución de Clases Medias (director, Sergio E. Visacovsky, cuyo antecedente es el Grupo de Estudio “Investigación Etnográfica e Histórica sobre Clases Medias”, que funcionó desde el 2004 en el Centro de Antropología Social).
